病原物与植物接触之后，引起病害发生的全部过程，称作侵染程序，简称病程。病程一般可分为四个阶段，即接触期、侵入期、潜育期和发病期。
（一） 接触期
从病原物与寄主接触，或到达能够受到寄主外渗物质影响的根围或叶围开始，到病原物向侵入部位生长或运动，并形成某种侵入机构为止，称为接触期。病原物同植物体接触是无选择性的，只有与寄主植物的感病部位接触才是有效的。在接触期病原物除了直接受到寄主的影响外，还受到环境因素的影响，如大气的温度和湿度、植物表面渗出的化学物质、植物表面微生物群落拮抗或刺激作用等。接触期是病原物侵染过程中的薄弱环节，也是防止病原物侵染的有利阶段。
（二） 侵入期
从侵入到病原物与寄主建立稳定寄生关系为止，这一时期称为侵入期。
1．侵入途径和方式 病原物侵入寄主的途径因种类不同而异。
（1）直接侵入 一部分真菌可以从健全的寄主表皮直接侵入，如梨黑星分生孢子，树木根腐密环菌以根状菌素直接侵入。
（2）自然孔口侵入 植物体表的自然孔口，有气孔、皮孔、水孔、密腺等，绝大多数真菌和细菌都可以通过自然孔口侵入，如松针褐斑病从气孔、松树溃疡病从皮孔侵入。
（3）伤口侵入 植物表面各种伤口如剪伤、虫伤、碰伤、落叶的叶痕等都是病原物侵入的门户。在自然界，一些病原细菌和许多寄生性较弱的真菌往往由伤口侵入，如立木腐朽和皮层腐烂病由伤口侵入。
各种病原物的侵入途径有一定的专化性，在三大类病原物中，病毒仅能靠外力通过微伤或以昆虫作为介体而进行侵入；细菌可以被动地落在自然孔口或伤口而进行侵入，而真菌除以上途径外尚有直接侵入的途径，不同真菌侵入的步骤也不一样，典型的是：孢子在适宜条件下萌发产生芽管，芽管与寄主表皮接触后顶端可膨大形成附着胞，然后从附着胞上产生较细的侵染丝侵入寄主体内。真菌不论以何种侵入途径侵入都可形成附着胞，但以直接侵入和自然孔口侵入的真菌产生附着胞较普遍，从伤口和其他途径侵入的真菌也可以不产生附着胞和侵入丝直接以芽管侵入。
2．影响侵入的条件 影响病原物侵入的环境条件，首先是湿度和温度，其次是寄主植物。
（1）湿度 湿度对于侵入的影响最大，真菌除白粉菌外，孢子萌发的最低相对湿度都在80%以上，鞭毛菌的游动孢子和能动的细菌在水滴中最适宜于侵染。
（2）温度 温度影响孢子萌发和菌丝生长的速度，各种真菌的孢子都有其最高、最适及最低的萌发温度。离它所需的最适温度越远，则所需萌发的时间越长，超出最高或最低温则不能萌发。如杨树灰斑病菌分生孢子萌发最低、最适、最高温度分别是3℃、23～27℃、38℃，而杉木炭疽病菌的分生孢子为12℃、20～24℃和32℃。温度在一般情况下，更多的作用是影响孢子的发芽率，发芽势，而不一定能确定其是否侵染。应当指出，在病害能够发生的季节里，温度一般能满足侵入要求，而湿度则变化较大，常常成为病害侵入的限制因素。
（三） 潜育期
从病原物侵入与寄主建立寄生关系开始，直到表现明显的症状为止称为潜育期。
1．局部侵染和系统侵染 寄生关系建立以后，病原物在寄主体内扩展的范围因种类不同而异。大多数真菌和细菌在寄主体内扩展的范围限于侵入点附近，称局部侵染。叶斑类病害是典型的局部侵染病害，如毛白杨黑斑病的单个病斑直径不超过1mm。病原物自侵入点能扩展到整个植株或植株的绝大部分，称系统侵染，如许多病毒、植原体以及少数的真菌、细菌的扩展属于这一类型。枯萎病类、丛枝病类都是系统侵染的结果。
2．环境条件对潜育期影响 潜育期的长短因病害而异，叶部病害一般10天左右，也有较短或较长的。如杨树黑斑病为2～8天，松落针病为2～3个月，立木腐朽病的潜育期有时长达数年或数十年。
在潜育期中，寄主体就是病原物的生活环境，其水分养分都是充足的。潜育期长短受外界环境，特别是气温影响最大。一般情况下，在适于病原物生长的温度下潜育期较短，温度偏高或偏低，潜育期延长。如毛白杨锈病，在13℃潜育期8天，15～17℃时13天，20℃时7天。
值得注意的是，有些病原物侵入寄主植物后，由于寄主和环境条件的限制，暂时停止生长活动而潜伏在寄主体内不表现症状，但当寄主抗病性减弱，环境有利于病菌生长，病菌可继续扩展并出现症状，这种现象称为潜伏侵染。有些病害出现症状后，由于环境条件不适宜，症状可暂时消失，称为隐症现象。有些病毒侵入一定寄主后，在任何条件下都不表现症状称为带毒现象。有些植物病害的发生是由于两种以上的病原物同时或先后侵染而引起的，这种现象称为复合侵染。
（四） 发病期
受病植物症状的出现，表示潜育期的结束，发病期的开始。也就是说，从寄主植物表现出症状后，到症状停止发展这一阶段称为发病期。
在发病期中，病原物仍有一段或长或短的扩展时期，其症状也随着有所发展，严重性不断增加。最后，病原物产生繁殖器官（或休眠），症状便停止发展，一次侵染过程至此结束。
