病毒病害与其他侵染性病害比较，更加难以防治。由于植物病毒的寄主范围广，对化学药剂抵抗性较强，所以在防治上存在一定的复杂性和局限性。主要防治途径有以下几个方面：
1.选用无病繁殖材料。这一措施对无性繁殖栽培的苗木、花卉特别重要。选用无病植株的枝条和幼苗作为接穗和砧木，避免嫁接传毒。由于病毒在植物中一般不进入生长点，利用植物的芽和生长点进行组织培养可获得无病苗木。
2.减少侵染来源。带病的植株是病毒病的主要传染来源。由于病毒的寄主范围广，所以除草消灭野生寄主是防治病毒病的重要途径。
3.防治媒介昆虫。
4.培育抗病品种。品种的抗性要注意两个方面，包括对病毒本身的抗性和对传毒虫媒的抗性。
5.病株治疗。用温水处理带病的种苗和无性繁殖材料，可以杀死其中病毒。用干扰核酸代谢的化学物质来防治病毒，也会获得显著效果。