细菌个体很小，构造简单，不像其他生物那样主要以形态作为分类依据。细菌分类主要以下列几个方面的性状为依据：

（1）形态上的特征；
（2）营养型及生活方式；
（3）培养特性；
（4）生理生化特性；
（5）致病性；
（6）症状特点；
（7）抗原构造；
（8）对噬菌体的敏感性；
（9）遗传学特性。

        关于细菌分类问题意见颇不一致，过去曾有许多种分类系统。现在较普遍采用的是伯节氏（Bergey）在1974年《伯节氏细菌鉴定手册》第八版提出的分类系统。植物病原细菌分属于土壤杆菌属(Agrobacterrum)、黄单胞杆菌属(Xanthomonas)、假单胞杆菌属(Pseudomonas)、欧文氏杆菌(Erwinia)和棒形杆菌(Clavibacter)等。