生物防治就是利用有益生物或生物制剂防治果树病虫害的方法。生物防治具有持久性、安全性，而且害虫等不会产生抗性。
主要措施有：
（1）以虫治虫：用赤眼蜂防治苹小食心虫，用线虫防治桃小食心虫，用西方盲走螨、虚伪钝绥螨防治山楂红蜘蛛和苹果红蜘蛛等。
（2）以菌治虫：例如用苏云金杆菌、白僵菌等防治桃小食心虫、苹果卷叶蛾等。
（3）以菌治病：用内疗素等防治苹果腐烂病。
（4）以鸟治虫：保护害虫的天敌，包括益鸟。啄木鸟对控制蛀干类害虫非常有效。
（5）昆虫性外激素的应用：利用性诱芯做成诱捕器，可以杀死梨小食心虫、桃小食心虫、苹果小卷叶蛾等害虫。利用性迷向法，向果园释放大量的性外激素，破坏雌雄虫之间正常的信息联系，雄虫找不到雌虫，不能进行交配，降低了下一代的虫口数量。
