按照作用方式可以分为保护性杀菌剂和治疗性杀菌剂。

保护性杀菌剂的直接杀菌作用并不强，一般是在病菌侵害作物之前，把药喷在作物上，保护作物不受病菌侵袭和为害，如果在作物被侵染发病以后喷药，它的治疗作用并不大，如波尔多液就是保护性杀菌剂。治疗性杀菌剂对病菌有较强的毒杀作用，当植物被病菌侵害发病以后，仍能消灭植物体上的病菌，起治疗作用，如多菌灵就是治疗性杀菌剂。